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更新時(shí)間:2023-08-30
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實驗(yàn)室(shì)工(gōng)作(zuò)中,經常(cháng)會需(xū)要用(yòng)到(dào)純化的(dí)DNA,這(zhè)時我(wǒ)們(mén)通常需要(yào)使用一(yī)個商(shāng)業的(dí)DNA提(tí)取試劑盒對目(mù)的DNA進(jìn)行分(fēn)離純(chún)化。市麵(miàn)上(shàng)有很多(duō)類型(xíng)的提取試劑(jì)盒,當(dāng)使(shǐ)用(yòng)不太熟悉(xī)的(dí)樣本(běn)類型時,選(xuǎn)擇(zé)合(hé)適的盒子是尤為關(guān)鍵的,應該(gāi)如(rú)何(hé)選擇呢?讓我們一起來看(kàn)看(kàn)吧!
一,試劑(jì)盒(hé)組(zǔ)分(fēn)
目(mù)前(qián)大多數DNA提取試劑(jì)盒遵循(xún)相同(tóng)的基(jī)本(běn)步(bù)驟: 裂(liè)解(jiě),柱純化,洗(xǐ)滌(dí)雜質,柱洗(xǐ)脫。然而(ér),不(bù)同(tóng)的盒子在完成(chéng)每(měi)個步驟(zhòu)的(dí)方式(shì)上有(yǒu)很大(dà)的(dí)不同(tóng)。
二(èr),使用的樣(yàng)本類型
不(bù)同的(dí)DNA來(lái)源有不同(tóng)的(dí)試劑盒,從(cóng)實驗(yàn)室培養的(dí)細(xì)胞(bāo),到臨床樣(yàng)本(běn),土(tǔ)壤(rǎng)樣(yàng)本(běn),甚至(zhì)指紋,也有許(xǔ)多專門用於(yú)某(mǒu)些應用(yòng)的試(shì)劑盒。
例(lì)如,土(tǔ)壤中的腐殖酸或血(xiě)液中(zhōng)的血(xiě)紅(hóng)蛋白會汙染(rǎn)純化(huà)的(dí)DNA,從而(ér)幹擾(rǎo)下遊的(dí)DNA實(shí)驗(yàn)(如(rú)PCR)。當然(rán),也(yě)有一些(xiē)試劑盒(hé)會在(zài)進行(háng)純(chún)化步驟之前專門去除(chú)這些組分。
如(rú)果想從(cóng)PCR或(huò)瓊脂(zhī)糖(táng)凝膠中純(chún)化DNA,有(yǒu)許多方法(fǎ)可(kě)以提(tí)高瓊脂(zhī)糖凝(níng)膠純(chún)化的(dí)回(huí)收率(shuài)。
三,基(jī)因組(zǔ) VS 質粒DNA提取
一般(bān)來說,質粒(lì)DNA分離要(yào)比(bǐ)基因組DNA分(fēn)離溫和(hé)。這(zhè)是因為針(zhēn)對質粒DNA的(dí)裂解步(bù)驟需要(yào)染色(sè)體DNA與(yǔ)細(xì)胞蛋(dàn)白(bái)片(piàn)段保持(chí)結(jié)合(hé),以(yǐ)防止其(qí)汙染最終的(dí)樣品(pǐn)。兩種(zhǒng)類(lèi)型的(dí)DNA回收都有(yǒu)試(shì)劑(jì)盒(hé),甚至(zhì)有可以同時純化基因組DNA和(hé)總RNA的(dí)試劑盒。
四,細(xì)胞(bāo)係 VS 生(shēng)物(wù)體(tǐ)
在選(xuǎn)擇(zé)DNA提取試(shì)劑(jì)盒(hé)時(shí),最(zuì)重要(yào)的變量(liáng)可(kě)能是(shì)你(nǐ)所使(shǐ)用的生物體。
1.細(xì)菌:許多試劑盒(hé)都(dū)有用於細菌DNA分(fēn)離的(dí)不(bù)同成(chéng)分(fēn),這些試劑(jì)盒之(zhī)間(jiān)的(dí)主要區別(bié)在於(yú)細胞是如(rú)何被分(fēn)解的(dí),因為(wéi)有(yǒu)些(xiē)細(xì)菌(jūn)比其他細(xì)菌更(gēng)更(gēng)有(yǒu)挑戰(zhàn)性(xìng)。例如(rú),形(xíng)成(chéng)生物膜的(dí)細(xì)菌可能(néng)比傳統(tǒng)的基於(yú)去(qù)垢(gòu)劑的(dí)方法需要更強(qiáng)的裂(liè)解(jiě)技術(shù)。
2.動(dòng)物(wù)組織:用於動(dòng)物組織(zhī)DNA分離(lí)的試(shì)劑(jì)盒通(tōng)常(cháng)具有更(gēng)溫和的(dí)裂解(jiě)技術(shù),因為(wéi)大多數動(dòng)物(wù)細胞不像(xiàng)細(xì)菌(jūn)細胞那樣(yàng)有細胞壁。然(rán)而,動(dòng)物組織DNA提(tí)取(qǔ)的挑戰往往在於選(xuǎn)擇(zé)合(hé)適(shì)的(dí)組(zǔ)織匀漿方法。此外,許多(duō)動物DNA純(chún)化試(shì)劑(jì)盒(hé)不使用苯酚/氯(lǜ)仿萃取(qǔ)或乙(yǐ)醇作(zuò)為沉澱(diàn)步(bù)驟,以(yǐ)減少(shǎo)破壞(huài)DNA的(dí)風險(xiǎn)。
3.植物:當(dāng)涉及到植物(wù)DNA分離(lí)時(shí),必(bì)須(xū)考(kǎo)慮到其(qí)他(tā)一些(xiē)因(yīn)素,需(xū)要(yào)注意汙染物(wù)的(dí)去(qù)除。植物(wù)在(zài)純化(huà)過程(chéng)中(zhōng)通常含有(yǒu)未(wèi)分(fēn)離(lí)的(dí)糖(táng),因(yīn)此,洗(xǐ)滌劑選擇性(xìng)地與(yǔ)DNA結合並從(cóng)溶(róng)液(yè)中(zhōng)析(xī)出,通常(cháng)是先將洗滌劑(jì)溶(róng)解(jiě)在(zài)高(gāo)濃度(dù)的鹽溶液中(zhōng),然後提(tí)取DNA。
4.血(xiě)液:由(yóu)於技(jì)術上的許多(duō)最(zuì)新進(jìn)展,血(xiě)液DNA分離(lí)試(shì)劑盒(hé)中有多種(zhǒng)裂解(jiě)技術(shù)和提(tí)取方(fāng)法可(kě)供(gōng)選(xuǎn)擇。從(cóng)血液(yè)中分離出的(dí)DNA將在很大程度(dù)上決(jué)定你使用的裂(liè)解和提取的(dí)類型(xíng)。無論應(yīng)用是什(shí)麼(mó),一定(dìng)要選擇一(yī)種能夠(gòu)提(tí)供純淨(jìng),完整,雙鏈和(hé)濃(nóng)縮DNA的試劑盒,以(yǐ)獲(huò)得(dé)最佳效果(guǒ)。
五,你需(xū)要(yào)多少DNA ?
大多數(shù)DNA分離試(shì)劑(jì)盒(hé)公(gōng)司都提供(gōng)含有類似(sì)成(chéng)分的試劑盒,這種試劑盒可以根據處(chǔ)理樣品的體(tǐ)積(jī)進行(háng)縮放。如(rú)下(xià)是(shì)一個(gè)基於(yú)大(dà)腸(cháng)杆(gān)菌的DNA分離試(shì)劑盒(hé)推薦樣本體積(jī)的綱要,範圍很(hěn)廣。
對於特(tè)殊(shū)的(dí)應(yīng)用(yòng),當涉及(jí)到培(péi)養物(wù)或(huò)組織樣(yàng)本的(dí)數量時,選擇(zé)可(kě)能(néng)較少。
小(xiǎo)量製備: >15 mL
中量提(tí)取: 15-25 mL
大(dà)規(guī)模(mó)製備: 100-200 mL
巨型製備: 500-2,500 mL
甚至高(gāo)達2.5-5升(shēng)!
六(liù),時間(jiān)成本(běn):生產(chǎn)率的(dí)考(kǎo)慮
當一次處理(lǐ)超(chāo)過(guò)50個樣本時,不(bù)再考慮(lǜ)使(shǐ)用小(xiǎo)量柱純化,高通(tōng)量DNA提取試(shì)劑(jì)盒是更好的選擇,它(tā)可以以96孔的形式運行(háng),以(yǐ)便(biàn)在需要同時(shí)處理多個(gè)樣本的(dí)DNA的實(shí)驗。DNA提(tí)取試(shì)劑(jì)盒有各(gè)種規格(gé)和大小(xiǎo),然而(ér),共同的(dí)主綫(xiàn)是,所選(xuǎn)擇(zé)的(dí)試(shì)劑(jì)盒能產生幹淨(jìng)和(hé)濃(nóng)縮的DNA。可以定期(qī)評估DNA提(tí)取(qǔ)物的數量(liáng)和質量,以確保試劑(jì)盒(hé)適(shì)合此應(yīng)用類(lèi)型。
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