為了排除(chú)某些(xiē)因素對PCR結果的影(yǐng)響,PCR實驗(yàn)需要(yào)對照實(shí)驗。PCR的陽(yáng)性對照(zhào)是(shì)Marker,推(tuī)測(cè)PCR產(chǎn)物長(cháng)度(dù),判斷(duàn)PCR產(chǎn)物是否是(shì)目(mù)的(dí)片段(duàn)。PCR的陰性對(duì)照(zhào)是PCR的(dí)空白管(guǎn),除了模(mó)板不加之外,其成分(fēn)與(yǔ)其(qí)他管(guǎn)一樣(yàng),證明沒有其(qí)他模(mó)板(bǎn)汙(wū)染。下麵(miàn)讓(ràng)我們一(yī)起(qǐ)來看看PCR和凝(níng)膠電泳(yǒng)實驗結果常見的問題及(jí)原(yuán)因分(fēn)析(xī)吧(bā)!
一(yī),耗(hào)材選(xuǎn)擇(zé)不(bù)當對實驗結果造成很大的(dí)影響
PCR耗(hào)材一般都是聚(jù)丙烯(PP)材質(zhì),因(yīn)其為(wéi)生(shēng)物學惰(duò)性材(cái)料(liào),表(biǎo)麵不易於(yú)粘(nián)附生(shēng)物(wù)分(fēn)子,且(qiě)有著(zhuó)良(liáng)好(hǎo)的化學耐性(xìng),及溫度(dù)耐(nài)受(shòu)性。這些材(cái)料通常會與(yǔ)試(shì)劑(jì)或(huò)者(zhě)樣(yàng)品(pǐn)直接(jiē)接(jiē)觸(chù),因(yīn)而在(zài)生(shēng)產製備(bèi)過程中需要(yào)選用(yòng)高質量(liáng)的材料和(hé)良好的加工工(gōng)藝。
PCR管的(dí)體積(jī)大多數都(dū)可(kě)以滿足PCR反應(yīng)要求。但是在滿足(zú)實驗要求(qiú)的(dí)基(jī)礎上,優(yōu)先(xiān)推(tuī)薦(jiàn)選(xuǎn)用(yòng)低容管。因為低(dī)容反(fǎn)應(yīng)管有(yǒu)著(zhuó)較小(xiǎo)的上方空(kōng)間,可提(tí)高熱(rè)傳(chuán)導率並降低(dī)蒸(zhēng)發(fā)。而且(qiě)在加(jiā)樣時(shí),需要避免加(jiā)樣(yàng)過量(liáng)或過(guò)少(shǎo)。過(guò)量會導(dǎo)致熱(rè)傳導率(shuài)下降(jiàng),溢(yì)出及交(jiāo)叉(chā)汙(wū)染,而加樣過少(shǎo)可(kě)能會(huì)造成樣(yàng)品蒸(zhēng)發損失。
二,假(jiǎ)陰(yīn)性(無(wú)擴(kuò)增(zēng)產(chǎn)物)——現(xiàn)象:陽(yáng)性(xìng)對照有條帶(dài),而樣品則無
原(yuán)因:模(mó)板(bǎn)含有(yǒu)抑製物,含(hán)量低;緩(huǎn)衝液(Buffer)對樣品(pǐn)不合(hé)適;引(yǐn)物設計不當或(huò)者發(fā)生降(jiàng)解(jiě);反應(yīng)條件:退(tuì)火溫(wēn)度(dù)太高,延(yán)伸時間太(tài)短。
對(duì)策(cè):純化模板(bǎn)或者(zhě)使用試劑盒提(tí)取(qǔ)模板(bǎn)DNA或加大模板的用(yòng)量(liáng);更換Buffer或調整濃度;重新設計引物(避免鏈間二聚(jù)體和(hé)鏈內二(èr)級(jí)結構)或(huò)者換(huàn)一管新引物;降(jiàng)低(dī)退(tuì)火(huǒ)溫(wēn)度,延(yán)長延伸時間(jiān)。
三(sān),非特(tè)異(yì)性擴增——條帶與預計的大小(xiǎo)不一(yī)致或者(zhě)非(fēi)特異性擴增帶(dài)
原因:引(yǐn)物的(dí)特異性不強(qiáng),提取模(mó)板DNA中可能(néng)會有非(fēi)靶基因性(xìng)同源序(xù)列;模(mó)板或引(yǐn)物濃度(dù)過高;酶量過(guò)多;Mg2+濃(nóng)度(dù)偏(piān)高(gāo);退火溫(wēn)度偏低;循環次數(shù)過多(duō)。
對(duì)策(cè):重(zhòng)新設計引(yǐn)物;適當降(jiàng)低模(mó)板(bǎn)或引物(wù)濃(nóng)度;適當減(jiǎn)少酶量(liáng);降低鎂離子濃度;適(shì)當提高退火溫度則減少(shǎo)與同(tóng)源(yuán)性非靶(bǎ)DNA的互(hù)補(bǔ)程度;減(jiǎn)少循環次(cì)數。四,拖尾——產(chǎn)物(wù)在凝膠上呈模糊不(bù)清狀態(tài)(彌散(sàn))
原因:模(mó)板不(bù)純;引(yǐn)物(wù)濃度不夠優化;Buffer不(bù)合(hé)適;退火溫(wēn)度(dù)偏(piān)低;酶量(liáng)過(guò)多(duō);dNTP,Mg2+濃(nóng)度偏高;循(xún)環(huán)次數(shù)過(guò)多(duō)。
對策(cè):純化模板;對(duì)引(yǐn)物進行(háng)梯(tī)度稀(xī)釋(shì);更換Buffer;適當(dāng)提(tí)高退火(huǒ)溫度(dù);適(shì)量用酶;適當(dāng)降低(dī)dNTP和鎂離(lí)子(zǐ)的濃(nóng)度;減少循(xún)環(huán)次(cì)數。
更(gēng)多有關PCR和凝膠電泳(yǒng)實(shí)驗(yàn)結(jié)果常(cháng)見(jiàn)的(dí)問題及原因(yīn)分析,請(qǐng)聯(lián)係(xì)天(tiān)津益元利康生物科(kē)技有限公(gōng)司!